​A. Các tổ chức giúp việc Giám đốc Sở:

- Văn phòng Sở.

- Thanh tra Sở.

- Phòng Kế hoạch - Tài chính.

- Phòng Quản lý Kết cấu hạ tầng và an toàn giao thông.

- Phòng Quản lý chất lượng công trình giao thông.

- Phòng Quản lý Vận tải và Phương tiện.

- Phòng Quản lý đào tạo và sát hạch cấp giấy phép lái xe.

B. Các đơn vị sự nghiệp trực thuộc Sở:

- Bến xe khách tỉnh.

- Cảng vụ đường thủy nội địa.

- Trung tâm đào tạo - Sát hạch lái xe.

- Trung tâm đăng kiểm xe cơ giới.

- Đoạn Quản lý sửa chữa công trình giao thông.

- Trung tâm Quản lý và Điều hành vận tải hành khách công cộng.​